Opublikowano: 2026-04-17

Podatnicy zwolnieni podmiotowo z VAT, co do zasady, nie mają obowiązku wystawiania faktur dokumentujących czynności niegenerujących konieczności zapłaty należnego podatku VAT. Biorąc pod uwagę przepisy dotyczące obligatoryjnego KSeF w poniższym artykule zastanowimy się w jaki sposób regulacje dotyczące e-fakturowania wpływają na obowiązki podatników zwolnionych z VAT.

Podatnik zwolniony z VAT a faktura oraz rachunek

W pierwszej kolejności wskażmy, że w myśl art. 106b ust. 2 ustawy VAT podatnik nie jest obowiązany do wystawienia faktury w odniesieniu do sprzedaży zwolnionej od podatku na podstawie art. 43 ust. 1, art. 113, art. 113a ub przepisów wydanych na podstawie art. 82 ust. 3.

Zgodnie natomiast z art. 106b ust. 3 ustawy VAT na żądanie nabywcy towaru lub usługi podatnik jest obowiązany wystawić fakturę dokumentującą sprzedaż zwolnioną od podatku jeżeli żądanie jej wystawienia zostało zgłoszone w terminie 3 miesięcy, licząc od końca miesiąca, w którym dostarczono towar lub wykonano usługę bądź otrzymano całość lub część zapłaty.

Jak wynika z przywołanych wyżej przepisów – co do zasady – podatnik VAT jest zobowiązany wystawiać fakturę dokumentującą sprzedaż towarów i usług na rzecz innego podatnika. Generalnie ustawodawca nie nakłada na podatników obowiązku wystawiania faktur dokumentujących sprzedaż zwolnioną od podatku na podstawie przepisów ustawy lub rozporządzeń wykonawczych do niej oraz sprzedaż realizowaną na rzecz podmiotów niebędących podatnikami VAT.

Natomiast zgodnie z art. 87 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa jeżeli z odrębnych przepisów nie wynika obowiązek wystawienia faktury, podatnicy prowadzący działalność gospodarczą są obowiązani, na żądanie kupującego lub usługobiorcy, wystawić rachunek potwierdzający dokonanie sprzedaży lub wykonanie usługi.

Zatem obowiązek wystawienia rachunku ma zastosowanie do podatników, jednakże w ograniczonym zakresie, tj. w przypadkach, gdy z ustawy nie wynika obowiązek wystawienia faktury.

Przechodząc natomiast na grunt przepisów stanowiących o KSeF należy zauważyć, że w myśl art. 106ga ust. 1 ustawy VAT podatnicy są obowiązani wystawiać faktury ustrukturyzowane przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur.

Natomiast przepis art. 106ga ust. 2 ustawy określa wprost w jakich przypadkach nie ma obowiązku wystawiania faktury ustrukturyzowanej. Ww. przepis nie wyłącza obowiązku wystawienia faktury ustrukturyzowanej w odniesieniu do wykonywania czynności zwolnionych od podatku VAT.

WAŻNE

Podatnicy zwolnieni podmiotowo od podatku VAT ze względu na nie przekroczenie limitu sprzedaży 240 000 zł nie zostali wyłączeni z zakresu przepisów dotyczących stosowania KSeF odnośnie wystawiania faktur ustrukturyzowanych.

Podatnik zwolniony z VAT – e-faktura czy rachunek?

Biorąc powyższe przepisy pod uwagę pojawiaj się pytanie czy podatnik zwolniony VAT powinien wystawić e-fakturę czy też może posługiwać się rachunkiem w rozumieniu Ordynacji podatkowej.

Dyrektor KIS w interpretacji z dnia 27.10.2025 r., nr 0112-KDIL1-3.4012.657.2025.2.MR, wskazał, że KSeF obejmuje wyłącznie faktury ustrukturyzowane i nie dotyczy innych dokumentów sprzedaży, takich jak rachunki. Podatnicy dokumentujący sprzedaż zwolnioną z VAT mogą w dalszym ciągu wystawiać rachunki w tradycyjnej formie, niezależnie od systemu e-Faktur.

Natomiast inne stanowisko w tej kwestii wynika z treści interpretacji indywidualnej Dyrektora KIS z dnia 26.03.2026 r., nr 0112-KDIL1-3.4012.59.2026.1.KK. W piśmie tym organ podatkowy podkreślił, że obowiązek wystawienia rachunku ma zastosowanie do podatników, jednakże w ograniczonym zakresie, tj. w przypadkach, gdy z ustawy nie wynika obowiązek wystawienia faktury.

Wskazać należy, że rachunki na podstawie ustawy – Ordynacja podatkowa, mogą być wystawione:

· w przypadku konieczności udokumentowania czynności niepodlegających opodatkowaniu VAT, m.in. wskazanych w art. 6 ustawy,

· czynności wykonywanych przez podmioty nie działające w charakterze podatnika,

· przez rolników ryczałtowych zwolnionych z obowiązku wystawiania faktur na podstawie art. 117 ustawy.

Faktura VAT i rachunek są różnymi dokumentami, o czym świadczy choćby fakt ich uregulowania w różnych aktach prawnych. Zbieg obowiązków przedsiębiorcy do wystawienia faktury i rachunku będzie mieć zawsze charakter pozorny. Zawsze bowiem na gruncie podatku VAT pierwszeństwo ma obowiązek wystawienia faktury.

Jak wynika z powołanych wyżej przepisów ustawy, do wystawienia faktury zobowiązani są, co do zasady, wszyscy podatnicy podatku od towarów i usług, zarówno podatnicy czynni, jak i zwolnieni, wykonujący działalność gospodarczą w rozumieniu ustawy. Faktury są dokumentami potwierdzającymi wykonywanie czynności podlegającej opodatkowaniu.

W ustawie przewidziano pewne wyjątki, gdy podatnik nie ma obowiązku wystawienia faktury. Dotyczy to dokumentowania sprzedaży zwolnionej od podatku m.in. na podstawie art. 113 ustawy (zwolnienie podmiotowe). Jeśli jednak podatnik wystawi dokument, to dokumentem tym powinna być faktura, gdyż stanowi udokumentowanie czynności podlegającej opodatkowaniu VAT.

Tożsamy sposób postępowania będzie stosował podatnik zwolniony, który z własnej woli dla innych celów będzie dokumentował daną czynność zwolnioną.

Podatnicy podatku VAT, także zwolnieni, podlegają pod zasady ustawy, więc skoro ustawa, określa sposób dokumentowania czynności fakturą, to podatnik zwolniony wystawia w takim przypadku ten dokument, który odpowiednio 1 kwietnia 2026 r. będzie zasadniczo podlegał wystawieniu przy użyciu KSeF.

WAŻNE

Biorąc pod uwagę aktualne stanowisko organów podatkowy podatnik zwolniony podmiotowo od VAT w zakresie udokumentowania sprzedaży powinien posłużyć się e-fakturą wystawioną poprzez KSeF, a nie rachunkiem o którym mowa w Ordynacji podatkowej.

Co istotne wskazany obowiązek wystawienia e-faktury, a nie rachunku dotyczy nie tylko sytuacji gdy nabywca zażąda faktury VAT ale również obejmuje przypadki gdy podatnik zwolniony z VAT postanowił dobrowolnie udokumentować czynność w drodze fakturowania.