Opublikowano: 2026-06-12

Obowiązek stosowania Krajowego Systemu e-Faktur do wystawiania i odbierania faktur ustrukturyzowanych nastąpił od 1 lutego i od 1 kwietnia 2026 r. W pewnych wyjątkach obowiązek ten wystąpi od 1 stycznia 2027 r. Jednak już dziś przedsiębiorcy zastanawiają się czy mogą odliczyć podatek VAT od faktury otrzymanej poza KSEF?

Krajowy System e-Faktur

W nawiązaniu do art. 106nd ust. 2 ustawy z dnia 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2025 r. poz. 775 zwanej dalej ustawą o VAT) Krajowy System e-Faktur to system elektroniczny zarządzany przez Szefa KAS, który umożliwia przedsiębiorcom wystawianie faktur ustrukturyzowanych i przekazywanie ich do odbiorcy w KSeF. Zgodnie z art. 106nd ust. 2 ustawy z dnia 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2025 r. poz. 775 zwanej dalej ustawą o VAT) KSEF realizuje określone zadania takie jak:

• nadawanie, modyfikacja uprawnień do korzystania z KSeF oraz powiadamianie podmiotów o nadanych uprawnieniach do korzystania z KSeF lub ich odebraniu,
• uwierzytelnienie oraz weryfikacja uprawnień do korzystania z KSeF,
• wystawianie, odbieranie, przechowywanie, podgląd oraz oznaczanie faktur ustrukturyzowanych numerem identyfikującym w KSeF,
• powiadamianie podmiotów uprawnionych o dacie i czasie wystawienia faktury ustrukturyzowanej oraz numerze identyfikującym fakturę ustrukturyzowaną przydzielonym w KSeF oraz dacie i czasie jego przydzielenia,
• powiadamianie o dacie i czasie odrzucenia faktury w przypadku jej niezgodności z wzorem faktury widniejącym w KSeF oraz o możliwości wystawienia faktury ustrukturyzowanej – w przypadku niedostępności KSeF,
• powiadamianie innych podmiotów o braku uprawnień do korzystania z KSeF,
• analiza i kontrola prawidłowości danych z faktur ustrukturyzowanych.

System KSeF będzie archiwizował faktury ustrukturyzowane przez okres 10 lat. Przez ten okres czasu sprzedawca będzie miał do nich dostęp a więc będzie mógł dokonać ponownego wglądu do tych faktur w razie potrzeby.

Fakturę ustrukturyzowaną uznaje się za wystawioną w dniu jej przesłania do KSeF.

Natomiast fakturę ustrukturyzowaną uznaje się za otrzymaną przy użyciu KSeF w dniu przydzielenia w tym systemie (unikalnego) numeru identyfikującego tę fakturę.

Prawo do odliczenia podatku VAT

Prawo do odliczenia podatku VAT z otrzymanej faktury to możliwość obniżenia podatku VAT do zapłaty z tytułu sprzedaży w ramach prowadzonej działalności właśnie o kwotę podatku VAT z tej otrzymanej faktury.

Prawo do odliczenia podatku VAT (z otrzymanej faktury) posiada wyłącznie podatnik, który jest zarejestrowanym, czynnym (aktywnym) podatnikiem VAT.

Podatnik zwolniony z VAT nie ma prawa do odliczenia podatku VAT.

Jak mówi art. 86 ust. 1 ustawy o VAT prawo do odliczenia podatku VAT u nabywcy – czynnego podatnika powstaje wtedy, gdy:

1. nabyte przez niego towary, usługi zostały przeznaczone do wykonania sprzedaży towarów, usług podlegających opodatkowaniu podatkiem VAT, oraz
2. nie wystąpiły negatywne przesłanki wykluczające to prawo.

Można powiedzieć prawo do odliczenia podatku VAT powstaje wtedy, kiedy zakupy do działalności zostały przeznaczone do wykonania sprzedaży, która jest opodatkowana stawką VAT od 0% do 23%.

Bowiem jak mówi art. 86 ust. 10 ustawy o VAT prawo do odliczenia podatku VAT u nabywcy z otrzymanej przez niego faktury powstaje nie wcześniej niż w rozliczeniu za okres, w którym w odniesieniu do nabytych lub importowanych przez podatnika towarów i usług powstał obowiązek podatkowy.

Obowiązek podatkowy w VAT u sprzedawcy powstaje w dacie sprzedaży, dacie otrzymania zaliczki, dacie otrzymania należności, niekiedy wyjątkowo wystawienia faktury, ale tylko w przypadku sprzedaży usług takich jak m.in.: najem, dzierżawa, leasing czy usług o podobnym charakterze, ochrony osób oraz usług ochrony, dozoru i przechowywania mienia, stałej obsługi prawnej i biurowej, pozostałych.

Obowiązek podatkowy w VAT u sprzedawcy może też nastąpić w ostatnim dniu okresu rozliczeniowego, jeżeli taki sposób rozliczenia został ustanowiony w umowie lub fakturze. Obowiązek ten może również nastąpić także w ostatnim dniu terminu płatności za fakturę.

Prawo do odliczenia podatku VAT a następnie realizacji tego prawa

Nabywca, który ma prawo do odliczenia podatku VAT może to prawo zrealizować, ale dopiero w określonym momencie czasu.

ISTOTNE:

Realizacji prawa, czyli faktyczne odliczenie podatku VAT z otrzymanej faktury czynny podatnik VAT może dokonać nie wcześniej niż w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzymał fakturę lub dokument celny.

W przypadku wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów realizacja odliczenia podatku VAT może nastąpić nawet bez faktury poprzez może nastąpić już w miesiącu powstania obowiązku podatkowego w VAT u sprzedawcy (dla WDT to data wystawienia faktury). Podatnik po prosty uwzględnienia w ewidencji i deklaracji JPK_V7X za ten miesiąc kwoty podatku VAT należnego z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów i jednocześnie uwzględnia kwoty podatku VAT naliczonego.

Kiedy nie można zrealizować prawa do odliczenia podatku VAT

Prawo do odliczenia podatku VAT nie przysługuje czynnemu podatnikowi VAT, jeżeli:

1. przeznacza zakupy na cele prywatne,
2. wystąpiły negatywne przesłanki wynikające z art. 88 ustawy o VAT, które wykluczają odliczenie podatku VAT np. faktury niedokumentujące faktycznej transakcji, faktury niedokumentujące w ogóle żadnej transakcji, faktury wystawione przez podmiot nieistniejący, faktury dokumentujące transakcje zwolnione z VAT lub niepodlegające opodatkowaniu VAT, korekty faktur stwierdzające fikcję.

Odliczenie podatku VAT od faktury wystawionej poza KSEF

Wielu przedsiębiorców może wciąż korzystać ze zwolnienia z obowiązku wystawiania faktur ustrukturyzowanych przy pomocy KSEF. To powoduje, że przedsiębiorcy nabywcy, którzy będą od nich kupować otrzymają faktury wystawione poza KSEF.

Poza tym prawodawca wyszczególnił kilka przypadków, w których przedsiębiorcy mogą wystawiać faktury poza KSEF (w formie papierowej albo elektronicznej) i to także w 2027r.:

• sprzedaż na rzecz konsumentów,
• sprzedaż z zastosowaniem szczególnych procedur rozliczania VAT – VAT OSS, VAT IOSS,
• awarie KSEF, niedostępność KSEF,
• pozostałe przypadki.

Póki, co najnowsze wskazania Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej pokazują, iż przedsiębiorcy nabywcy, którzy otrzymają fakturę wystawioną poza KSEF nie utracą prawa do odliczenia podatku VAT z takiej faktury.

Powyższe potwierdzają najnowsze stanowiska fiskusa. W interpretacji indywidualnej z dnia 16.01.2026r. o sygn. 0114-KDIP1-1.4012.1053.2025.1.KOM, Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej uznaje, że

„(…) W analizowanej sprawie będzie Państwu przysługiwało prawo do odliczenia kwoty podatku naliczonego wynikającego z Faktur Zakupu dokumentujących nabycie towarów i usług wystawionych poza KSeF niezgodnie z wymogami lub wystawionych z naruszeniem obowiązku użycia KSeF, wykorzystywanych przez Państwa do czynności opodatkowanych w ramach prowadzonej działalności gospodarczej, na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy. Wystawienie Faktur Zakupowych wbrew obowiązkowi – bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur – nie pozbawia Państwa prawa do odliczenia podatku naliczonego, gdyż nie stanowi to negatywnej przesłanki, uniemożliwiającej odliczenie tego podatku, wymienionej w art. 88 ustawy.

Dla istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktury (nawet w przypadku wskazanym wyżej), obok fundamentalnych przesłanek takich jak status odliczającego jako czynnego, zarejestrowanego podatnika VAT i związek zakupionych towarów i usług z czynnościami opodatkowanymi (u odliczającego) i faktycznie zrealizowana transakcja, również istotne jest to, by nabyta usługa lub towar podlegały opodatkowaniu i nie korzystały przy tym ze zwolnienia od tego podatku. Prawidłowe wystawienie faktury papierowej, elektronicznej czy ustrukturyzowanej pod kątem formalnym i materialnym, stanowi spełnienie jednej z przesłanek do skorzystania z prawa do odliczenia. Jej wystawienie bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur nie powoduje utraty prawa do odliczenia podatku naliczonego.

W konsekwencji, będzie Państwu przysługiwało prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego na podstawie Faktur Zakupu – wystawionych pomimo obowiązku poza systemem KSeF – dokumentujących nabycie towarów i usług od Dostawców zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy, także w sytuacji otrzymania Faktur Zakupu wystawionych poza KSeF niezgodnie z wymogami lub wystawionych z naruszeniem obowiązku użycia KSeF, przy założeniu, że spełnione będą pozostałe warunki uprawniające Państwa do skorzystania z tego prawa. (…)”.

Powyższe potwierdzają najnowsze stanowiska fiskusa. W interpretacji indywidualnej z dnia 10.02.2026r. o sygn. 0112-KDIL1-1.4012.953.2025.1.JKU, Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej uznaje, że

„(…) Podkreślić należy, że wprowadzenie obowiązkowego fakturowania w systemie KSeF nie zmienia zasad związanych z odliczeniem podatku naliczonego przez nabywców. Zatem jeśli jednak nabywca otrzyma fakturę wystawioną przez swojego dostawcę (który jest objęty obligatoryjnym KSeF) poza systemem KSeF (a więc otrzyma wadliwie wystawiony dokument), to będzie mógł odliczyć podatek naliczony wynikający z takiej faktury, pod warunkiem spełnienia pozostałych, materialnych przesłanek uprawniających do odliczenia podatku naliczonego. Prawo do odliczenia podatku naliczonego nie jest prawem samoistnym, lecz jest to prawo warunkowe, tzn. nie wynika ono z samego faktu posiadania faktury, lecz z faktu rzeczywistego przeprowadzenia transakcji skutkującej nabyciem towaru lub usługi przez podmiot widniejący na fakturze jako nabywca. Faktura powinna, więc prawidłowo odzwierciedlać zdarzenie gospodarcze zarówno pod względem przedmiotowym, jak i podmiotowym. Dla celów skorzystania z prawa do odliczenia istotna jest, bowiem prawidłowość materialna faktury, która musi potwierdzać, że w rzeczywistości doszło do dostawy towarów lub świadczenia usług pomiędzy konkretnymi podmiotami w niej wskazanymi, w zakresie ściśle określonego towaru lub usługi oraz w zakresie ilości danego towaru lub usługi.

Mając na uwadze powołane przepisy prawa w kontekście przedstawionego opisu sprawy stwierdzić należy, że będzie Państwu (czynnemu podatnikowi podatku VAT) przysługiwało prawo do odliczenia kwoty podatku naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych dokumentujących nabycie towarów i usług wystawionych wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, wykorzystywanych przez Państwa do czynności opodatkowanych w ramach prowadzonej działalności gospodarczej, na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy. Wystawienie Faktur Zakupowych wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, nie pozbawia Państwa prawa do odliczenia podatku naliczonego, gdyż nie stanowi to negatywnej przesłanki, uniemożliwiającej odliczenie tego podatku, wymienionej w art. 88 ustawy.

Podsumowanie

Wnioskodawcy będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych, gdy Spółka otrzyma Faktury Zakupowe, z których będzie wynikał podatek VAT naliczony bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, mimo iż dany Dostawca będzie miał obowiązek wystawić je i przesłać w KSeF, przy założeniu, że spełnione będą pozostałe warunki uprawniające Państwa do skorzystania z tego prawa. (…)”.

Zatem otrzymanie faktury wystawionej poza KSEF nie pozbawi nabywcy – czynnego podatnika VAT prawa do realizacji odliczenia podatku VAT widniejącego na takiej fakturze.